Наиболее значимые проекты, выполненные заповедником в последние годы:
- Анализ репрезентативности системы ООПТ Республики Алтай и разработка перспективной схемы размещения ООПТ в РА на период до 2020 года
- Глобальные изменения: стратегии адаптации для горных биосферных резерватов
- Функциональное зонирование природного парка «Зона покоя Укок»
- Определение допустимых рекреационных нагрузок в природном парке «Белуха»
- Функциональное зонирование природного парка «Белуха»
- Разработка Стратегии управления и развития объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО «Золотые горы Алтая»
- Анализ экосистемных услуг Катунского биосферного резервата
- Разработка системы проектирования и экспертиз мараловодческих хозяйств Усть-Коксинского района Республики Алтай
- Разработка основ рекреационного кадастра земель Усть-Коксинского района